Tecnicamente estas en lo correcto.
Cuando kratos salvo a los Titanes en la gran guerra, pues debio haver cambiado la historia de modo que los titanes nunca fueron en cerrados en el tartaro, esto a su ves hubiera dejado tambalente la trama de Chains of Olympus en la que se pueden ver a los titanes encarcelados (recordando que no tendrian que estar ahi)
Otro punto es que, para cuando Kratos se llevo a los Titanes, Cronos aun no había Caído porque Atlas se sacrifico por él, así que cronos debio haber viajado también al futuro. Esto crearia una paradoja mayor, ya que si cronos no fue derrotado, tampoco fue condenado a llevar el templo y la caja de pandora. Por lo que kratos no habria ascedido a ella y no se hueviera convertido en el Dios de la guerra... etc etc
En definitiva, los desorralladores dejarón pasar por alto estas incongruencias en beneficio de la historia. Después de todo es un juego y no hay que buscarle logíca a todo.
Suerte. :D